医療提供体制の確保に資する設備の特別償却制度（地域医療構想の実現のための病床再編等・医療用機器の効率的な配置の促進）

 平成31年3月29日付けで公布された所得税法等の一部を改正する法律等により、医療用機器等の特別償却制度が見直され、次の設備等の特別償却について、対象の拡充・見直しが行われています。

• 地域医療提供体制の確保のため地域医療構想調整会議で合意された病床の再編等に資する建物及びその附属設備

• 共同利用の推進など効率的な配置の促進に向けた高額医療機器

• 医師及びその他の医療従事者の労働時間短縮に資する機器等

制度の概要や特別償却を受けるための必要な手続は以下のとおりですので、特別償却制度を利用する場合は御確認ください。

手続の概要

• 対象となる設備等の取得にあたり、国が示す要件を満たす場合に特別償却を認める制度です。
• 「地域医療構想調整会議」（以下「調整会議」という。）での確認が要件となる場合があります。
• 制度を利用しようとする場合は、必要書類を県に提出し、県から必要な要件を満たしていることの確認を受け、証明書の交付を受ける必要があります。
• 事業者は、県から交付を受けた証明書を、青色申告時に税務署に提出します。

対象となる事業と特別償却制度の詳細（地域医療構想調整会議等に関連のあるもの）

(1)地域医療構想の実現のための病床再編等の促進に向けた特別償却

特別償却	8%
対象者	青色申告書を提出する法人・個人
対象期間	平成31(2019)年4月1日から令和9(2027)年3月31日まで（取得・建設日ベース）
対象となる設備等	新築・改築・増築・転換に該当する工事（すなわち、減築、廃止（単なる解体撤去）の場合を除く。）により取得又は建設をした病院用又は診療所用の建物及び附属設備で、地域医療構想調整会議で協議された具体的対応方針に基づく病床再編等に関するもの。
地域医療構想調整会議への提出・確認	病院・診療所
	必要
都道府県の証明	必要
法人等から都道府県への提出書類	対象工事の計画等の工事概要や範囲が特定できる書類 当該医療機関の具体的対応方針
都道府県の確認事項	具体的対応方針が地域医療構想調整会議で確認済であること 工事計画等が具体的対応方針に基づく内容に限定されていること

(2)医療用機器の効率的な配置の促進に向けた特別償却

特別償却	12%
対象者	青色申告書を提出する法人・個人
対象期間	平成31(2019)年4月1日から令和9(2027)年3月31日まで（取得・製作日ベース）
対象となる設備等	全身用MRI、全身用CT（4列未満除く）
地域医療構想調整会議への提出・確認	病院・診療所			診療所
	ア.一定基準以上の使用頻度がある機器更新	イ.共同利用を前提とした新規(追加)購入	左記のア、イに該当しない場合	令和3年3月31日以前に取得
	不要	不要	必要	不要
都道府県の証明	必要	必要	必要	不要
法人等から都道府県への提出書類	全身用CT、MRIの利用回数を示す書類	共同利用を行う連携先医療機関との合意を示す書類	地域医療構想調整会議等への提出書類	ー
都道府県の確認事項	利用回数に明らかな虚偽が認められないこと	連携先医療機関に同様の全身CT、MRIが設置されていないこと	地域医療構想調整会議等における協議状況	ー

 

医師及び医療従事者の労働時間短縮に資する機器の特別償却制度については、以下にお問合せください。

【問い合わせ先】

　とちぎ医療勤務環境改善支援センター（栃木県医師会内）

　電話 028-622-2655

手続の流れ

(1)地域医療構想の実現のための病床再編等の促進

1. 手続の流れ（PDF：133KB）
2. 事務フロー図（目安）（PDF：219KB）

(2)医療用機器の効率的な配置の促進

1. 手続の流れ（PDF：149KB）
2. 事務フロー図（目安）（PDF：194KB）

申請書類等

(1)地域医療構想の実現のための病床再編等の促進

• 確認願（ワード：18KB）
• 具体的対応方針（エクセル：26KB）
• 交付申請書（ワード：17KB）

(2)医療用機器の効率的な配置の促進

• 確認願（ワード：19KB）
• 交付申請書（ワード：20KB）

国通知等

• 「医療提供体制の確保に資する設備の特別償却制度について」（平成31年3月29日付け医政発0329第39号厚生労働省医政局長通知）における「第2 地域医療構想の実現のための病床再編等の促進に向けた特別償却制度」の適用期間については、令和7年3月31日付けの改正により、令和8年度（令和9年3月31日）まで延長されました。（2年間の延長）
• また、「再編計画に係る登録免許税の軽減措置の適用について」（令和3年5月28日付け医政発0528第4号厚生労働省医政局長通知）における当該軽減措置の適用期間については、令和5年3月31日付けの改正により、令和7年度（令和8年3月31日）まで延長されています。
  ※不動産取得税の軽減措置は令和7年度（令和8年3月31日）まで適用（2年間の延長）
• 【医師及びその他の医療従事者の労働時間短縮に資する機器等の特別償却制度（働き方税制）についての制度解説動画】（リンク先YouTubeサイトよりご覧いただけます）
  <https://www.youtube.com/watch?v=jA7MoJssues>　※令和7年5月27日追加
• 厚生労働省から発出されている通知は以下のとおりです。

「医療提供体制の確保に資する設備の特別償却制度について」の一部改正について（令和7年3月31日付け医政発0331第7号）

• 通知（PDF：94KB）
• 改正後全文（PDF：333KB）
• 新旧対照表（PDF：202KB）
• 別添1（PDF：678KB）
• 別添1（エクセル：146KB）　※令和7年5月15日追加
• 別添2（PDF：623KB）
• 別添2（エクセル：96KB）　※令和7年5月15日追加
• （参考）別添様式記載例（PDF：834KB）
• 留意事項（PDF：997KB）　※令和7年5月15日追加

「再編計画に係る登録免許税の軽減措置の運用について」等の一部改正について（令和5年3月31日付け医政発0331第8号）

• 通知 （PDF：75KB）

• 別紙1（PDF：260KB）

• 別紙2 （PDF：511KB）
• 改正後登録免許税通知（PDF：158KB）
• 改正後再編計画通知（PDF：429KB）
• 不動産取得税通知（PDF：129KB）
• 別記様式第1~4 （ワード：52KB）

参考資料（厚生労働省関係通知）

再編計画について（再編計画、再編計画に係る税制優遇措置、登録免許税の軽減措置、不動産取得税の軽減措置など）（厚生労働省サイトへリンク）

外来医療計画に基づく医療機器の効率的な活用について

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